این بیمارستان در اوایل دهه گذشته و بنا به وصیت مرحوم سید محمد گرامی، مردی مؤمن به خدا که در زمان حیات خود عاشق اسلام، کشورش و ملت بزرگ ایران بود، تأسیس شد. با نیت خالص ارائه خدمات پزشکی ویژه در سطح جهانی به افراد نیازمند واقعی به صورت خیریه. مشخص شده است که یکی از بزرگترین پروژه های بهداشتی در کشور است.
ساخت بیمارستان کلینیک مهدی از مرداد 1392 با امضای تفاهم نامه ساخت و راه اندازی درمانگاه مهدی در مجتمع بیمارستانی امام خمینی (ره) بین خانواده خیرگرمی و دانشگاه علوم پزشکی تهران وارد فاز عملیاتی شد. از آن تاریخ طراحی بیمارستان 1000 تختخوابی با همکاری گروه اقتصادی گلستان و هزینه های معادل برآورد شده 110 میلیارد تومان با امضای قراردادآغاز و در ادامه این تفاهم نامه طی قراردادی جای آن را وقف و انفاق در چارچوب اسلامی گرفت.
در این قرارداد مقرر شد این خانواده نیکوکار بیمارستان کلینیک مهدی را در مدت 4 سال و سپس به عنوان بخشی از قرارداد تکمیلی در مورد وقف درمانگاه خاص مهدی به نمایندگی از دانشگاه علوم پزشکی تهران و نظارت بر این بیمارستان توسط واقف. در تیرماه 1391، موسسه خیریه یاوران مهدی بهعنوان مؤسسهای غیردولتی، غیرسیاسی و غیرانتفاعی به ثبت رسید که قرار بود پس از وقف ویژه، فعالیتهای درمانگاه مهدی را به عهده بگیرد.
هیئت وزیران با استقبال گرم وزارت بهداشت و درمان و با هدف حمایت همه جانبه از دستیابی به بزرگترین خیر در سلامت کشور، 20 روز پس از ثبت نام یاوران خیریه مهدی موعود(عج) ، اهمیت و استثنایی این حرکت بزرگ را تایید کرد و یاری را پذیرفت خانواده خیر گرامی برای ساخت بیمارستان درمانگاه مهدی (عج) بزرگترین پروژه بهداشت و درمان و فعالیت خیریه و عام المنفعه یاوران مهدی (عج) تقدیر شدند. بنیاد از طریق انجمن خیریه یاوران مهدی. سرانجام در شرایطی که روند ساخت کلینیک مهدی به سرعت در حال پیشرفت بود، وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، بیمارستان کلینیک مهدی به همین نام را در مهرماه ۱۳۹۲ تصویب کرد.
به استحکام این بافت تاریخی، امروز پس از ماجراهای فراوان در مسیر تکمیل و بهره برداری از بیمارستان 1000 تختخوابی و دستیابی به هدف بزرگ بهره مندی بیشترین نیازمندان از خدمات درمانی، درمانگاه مهدی بیمارستان در مرحله تکمیل ظرفیت حوزه سلامت کشور است که با تلاش متخصصان و کارآفرینان توانمند ایرانی با همکاری وزارت بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران و مجتمع بیمارستانی امام خمینی (ره) وارد فاز بهره برداری شده است. و اکنون زمان استفاده حداکثری از توانمندی های مردمی، اجماع و قانونی این نعمت بزرگ در مدیریت عملکرد آن فرا رسیده است و امید است با توجه به الگوی نوظهور باورهای اصیل دینی جامعه شاهد تجربه متفاوت با بهره مندی از یک بیمارستان استثنایی. در این کشور عزیز اسلامی.