وی در 26 آبان در 84 سالگی بر اثر سکته قلبی به دیدار حق رفت و پیکرش در حرم حضرت معصومه (س) به خاک سپرده شد.
وی گفت: این عالم پس از بازگشت از تبریز به تهران، از سوی رهبر معظم انقلاب به عضویت شورای فرصت انتخاب شد و فعالیت های اجتماعی وی در زمینه ساخت مسجد، مرکز بهداشت و درمان بسیار حائز اهمیت بود. حوزه علمیه برای مناطق مختلف.» و شناخته شده است.
الاسلام والمسلمین سیدمحمدعلی آلهاشم وی روز یکشنبه در گفت و گو با خبرنگار ای بی اس نیوز اظهار داشت: به دلیل خدمات ارزنده آن مرحوم. آیت الله مجتهد شبستریاین خانواده در بین اهالی آذربایجان شرقی به ویژه شهر تبریز از جایگاه و احترام بالایی برخوردار است.
وی افزود: با ذهنیت مثبتی که مردم این منطقه از مرحوم پدرشان آیت الله حاج شیخ دارند. کاظم شبستری«بله، این خانواده به عنوان خانواده ای بسیار خوب، با برکت و محترم در منطقه آذربایجان شرقی شناخته می شوند.
مرحوم آیت الله شیخ محسن مجتهد شبستری امام جمعه تبریز از اعضای مجلس خبرگان رهبری، شورای فرصت و جامعه روحانیت مبارز متولد سال 1316 در شهرستان شبستر آذربایجان شرقی بود.
حجت الاسلام آل هاشم ابراز امیدواری کرد طلاب تربیت شده توسط آیت الله مجتهد شبستری بتوانند افراد موثری در جامعه باشند.
حجت الاسلام آل هاشم افزود: آیت الله مجتهد شبستری برای چهار دوره از سوی مردم تهران به عنوان نماینده در مجلس شورای اسلامی انتخاب شد و نماینده مردم آذربایجان شرقی در مجلس خبرگان رهبری نیز بخشی از مسئولیت های خود را بر عهده گرفت.
نماینده ولی فقیه در آذربایجان شرقی و امام جمعه تبریز نیز درباره جایگاه علمی آیت الله مجتهد شبستری گفت: این خاخام قبل از پیروزی انقلاب و بعد از انقلاب در حوزه علمیه قم تدریس می کرد. . مجلس شورای اسلامی، در سمینارهای تهران و تبریز خدمت کرد و دروس خارج فقه را تدریس کرد.